Benidorm er en gammel by i følge funnene av romerske og puniske rester fra 3000 år f.kr. Maurerne bosatte seg i området i forbindelse med invasjonen av den Iberiske halvøy på 800-tallet. Den kristne kong Jacob I av Aragón gjenerobret området i 1245, og i 1325 bosatte kristne seg i Benidorm, og byen fikk sitt bybrev samme år. Den vokste rundt slottet, El Castillo. Etter 1665 tiltok veksten, etter at byen fikk vanningskanaler fra innlandet til dyrking av jord.I dag feires den kristne gjenerobringen av den iberiske halvøy, Reconquista, med festivalen Moros y Cristianos.
Den mest kjente kirken i gamlebyen i Benidorm.
I de påfølgende århundrene ble Benidorm (i likhet med mange andre byer i Alicante) angrepet av pirater fra det Osmanske rike og Barbareskstatene. På 1700-tallet fikk byen et avansert vanningssystem som bedret boforhold og jordbruk. Innen 1800-tallet hadde dyktighet og teknikken almadraba gjort fiskerne fra Benidorm svært ettertraktet, og økonomien blomstret takket være fiskeindustri og jordbruk. Det finnes et maritimt museum og et museum om jordbruk i Benidorm.
Veksten fortsatte til 1952, da det ble nedgang i fiskeindustrien og man bestemte seg for å satse på turistindustri i stedet. Det var åpenbart vellykket – Benidorm er den største feriebyen i Spania, og blir en millionby i turistsesongen.